嘉義縣教育網路中心於民國84年在教育部「TANet到中小學」計畫下設立於國立中正大學電算中心(亦兼雲嘉區域網路中心)，初期除提供嘉義地區各校教師連線及Email服務外，並積極培訓中小學網路管理人力，推廣TANet應用服務。當時全球資訊網(World Wide Web，WWW)服務初興，本縣香林國小「漫步在雲端」網站便在中正大學縣網中心主機設站，成為國內早期最活躍的Web站台之一。
民國85年間，縣府為承辦86年台灣區運動會賽事，特委由中正大學資工系李新林教授籌劃資訊服務事宜，在教育局、計畫室協助下，縣內熱心教師同仁成立網路服務義工團隊，並於85年底首度組團前往台南參加南區資訊月展覽介紹WWW應用服務。適值教育部推動「區／縣市網路中心分設」政策，本縣乃以承辦區運資訊服務之人力與設備為基礎，在中正大學輔導下向教育部提報設置「試行教育網路中心」，於87年3月通過台灣學術網路管理委員會審議，自87年7月1日起嘉義縣教育網路中心正式由中正大學移轉至本縣頂六國民小學運作。
本中心由本縣接手維運後，首先於87年12月籌辦首屆「台灣學術網路縣市教育網路中心會議」，會中與中華電信簽署「阿里山協議」引進ADSL技術，開啟台灣寬頻網路新紀元。88年8月全縣各校陸續完成建置，達到全面普及網路連線之目標，並採取統籌管理策略，由本中心負責全縣國中小連線電路及連線設備之維運，降低各校經費負擔。92年進一步著手汰換各校ADSL線路並改接FTTB光纖網路，提升連線速率與品質，成為全國最早完成光纖建設之縣市之一。96年3月再完成VOIP校園公務網路電話建置，提供多元網路應用服務。
嘉義縣政府為健全縣內各項任務型組織運作與發展，推動縣網中心組織法制化工作，於96年4月24日函頒訂「嘉義縣教育網路中心組織設置要點」，至此中心設置乃有正式之法源依據。網路中心置主任一人，由頂六國民小學校長兼任，並設「行政管理組」及「網路服務組」二組，分掌縣網中心行政及技術事務。中心辦公室常設於嘉義縣中埔鄉頂六國民小學。